昭和１８年１１月に誂染色、悉皆、洗張、クリーニングの４業種を集めて『全国衣服洗染統制組合』が設立されたのが全国染色協同組合連合会の前身である。
終戦後『全国洗染商工業協同組合連合会』に改組されたが、昭和２３年３月にＧＨＱによって閉鎖機関に指定されたため、それに変わるものとして『日本洗染協会』が設立された。その後、昭和２８年４月『全国染色連合会』に改称されるまで続いていたが、その間にクリーニング部門は分離して別の団体を結成している。
昭和２９年９月２７日、中小企業等協同組合法に基づく法的団体『全国染色協同組合連合会』に改組設立、以来今日に至っている。
設立以来、本連合会を支えてきた歴代理事長は、法的団体に改組設立以前は川俣清音氏、多田友次郎氏、大川精一郎氏で、改組設立後は全国染色協同組合連合会の設立に寄与された近藤与吉氏（29.9～33.3）をはじめ、水谷恒一郎氏（33.4～37.3）、寺山秀雄氏（37.4～39.3）、近藤与吉氏（39.4～43.3）、富田雄平氏（43.4～45.3）、小糸啓介氏（45.4～46.3）、加納庄平氏（46.4～47.3）、富田雄平氏（47.4～49.3）、加納庄平氏（49.4～51.3）、五月女利平氏（51.4～53.3）、加納庄平氏（53.4～Ｈ11.3）、三原陽市郎氏(Ｈ11.4～Ｈ14.3)、三橋隆氏(Ｈ14.4～Ｈ20.3）、近藤哲生氏（Ｈ20.4～Ｈ22.3）、五月女利光氏（Ｈ22.4～Ｈ26.3）、池田佳隆氏（Ｈ26.4～H30.3）、富田篤氏（H30.4～R2.3）、五月女利光氏(R2.4～現在)となっている。
当連合会は、設立以来、きもの業界の好況あるいは不況といわれる時期があったが、時代の趨勢の中できもの離れが一段と進み、現在の和装不況の厳しさは言語に筆舌しがたいものがある。しかし、当連合会の組合員は、日本の伝統的な衣装であるきもの絶やすことなく、将来への継承と振興のため一致協力し結束を固め、厳しい環境下にあっても安定した組合運営を行っている。
また、当連合会の構成員は消費者に直結しており、現在消費市場で注目されているカタログ販売、現反見本などによる和装ファッションを主体とした誂染めを中心に染色加工からアフターケア及び流通部門を網羅した組合員で構成され、当連合会を核として組合員の連帯が図られている。
当連合会の主な事業は、全国小紋友禅染色競技会の開催である。全国小紋友禅染色競技会は昭和２７年以来毎年１回開催され、本年をもって第６６回目を迎える歴史ある主力事業である。入賞作品に対しては経済産業大臣賞、中小企業長官賞がそれぞれ２点、経済産業省製造産業局長賞が３点授与される他、関係各機関、団体より多くの賞が授与され、組合員の染色技術の向上、伝統工芸士の高齢化に伴い、伝来の技術・技法を継承すべき後継者の育成、販路の拡大等の成果を得ている。そして、平成３年度に開催された第４０回全国小紋友禅染色競技会、平成１３年度に開催された第５０回全国小紋友禅染色競技会、平成２３年度に開催された第６０回全国小紋友禅染色競技会においては、経済産業省の絶大なるご援助により内閣総理大臣賞を下付いただく栄誉に浴した。なお出品数は第４０回が３０５点、第５０回が２１８点、第６０回が２０１点、７０回は１２９点であった。
一方、近年まで実施してきた主な事業としては、誂染の宣伝をはかるため、昭和４１年から平成２１年まで、毎年１回組合員が創作したきものをモデルに着装させたポスターを制作して組合員並びに全国のきもの販売店に配布するとともに、昭和３７年７月に情報機関紙『染の友』（Ｂ４、４ページ立）を創刊、平成２２年７月まで組合員に技術情報、市場情報を始めとして連合会の活動などタイムリーに最新情報を提供するなど染物業界の啓発・連絡・親睦・情報伝達のため年３回発刊してきた。
そのほか染色用の原材料である輸入もち米を通商産業省より割り当てを頂き組合員に斡旋していたが、平成１１年度からは関税割当制に移行された。
また、一般財団法人伝統的工芸品産業振興協会には協会創立以来当連合会も加入し、理事に就任し事業に協力している。
職業訓練法による染色技能検定の型紙作業部門の一括窓口として当連合会は全国の型紙捺染（友禅）の技術、技能振興に努めている。
現在の組合員は４会員で、総事業所数は３９４社である。そして、全国各地の会員以外の誂染色関係の組合や団体と情報交換に努めている。
現在の会員
東京都染色工業協同組合
東京都染織卸商業協同組合
名古屋友禅黒紋付協同組合連合会
京友禅協同組合連合会
全国染色協同組合連合会組織図